Это потому, что при создании среза padded_train_x[0:1]
вы получаете 2d массив:
a = np.linspace(1024).reshape(64,-1)
b = a[0]
c = a[0:1]
b
array([ 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15])
b[0]
0
c
array([[ 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15]])
c[0]
array([ 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15])