Этого можно добиться с помощью PowerShell, вызвав командлет Set-AzureRMResource с соответствующими параметрами.Для вашего случая:
# Iterate all sites and set the Minimum TLS version to 1.2 (SSL Settings)
Get-AzureRmResource -ResourceType Microsoft.Web/sites | ForEach-Object {
$params = @{
ApiVersion = '2018-02-01'
ResourceName = '{0}/web' -f $_.Name
ResourceGroupName = $_.ResourceGroupName
PropertyObject = @{ minTlsVersion = 1.2 }
ResourceType = 'Microsoft.Web/sites/config'
}
Set-AzureRmResource @params -Force
}