Вы можете указать параметры, чтобы иметь это в отдельной строке
List<SqlParameter> parameters = new List<SqlParameter>();
parameters.Add(new SqlParameter("@CarID", id));
parameters.Add(new SqlParameter("@FacilityID", facilityId));
И вызвать запрос как
test = atlEnt.Database.SqlQuery<GetCarriersById_Result>("CarriersById @CarID, @FacilityID", parameters.ToArray());
Вы можете проверить документацию SqlQuery
метод здесь .Метод SqlQuery
позволяет указывать параметры в качестве параметров.