Попробуйте изменить запись app.config, чтобы она соответствовала пакетам.config для newVersion, как показано ниже.
Чтобы узнать точную версию, необходимо проверить с помощью package.config
<dependentAssembly>
<assemblyIdentity name="System.Runtime" publicKeyToken="b0123f7facd50a3a" culture="neutral" />
<bindingRedirect oldVersion="0.0.0.0-4.1.1.0" newVersion="4.6.0" />
</dependentAssembly>