Если вы используете сервлеты, вы можете настроить параметры в web.xml:
<servlet>
<servlet-name>jsp</servlet-name>
<servlet-class>org.apache.jasper.servlet.JspServlet</servlet-class>
<init-param>
<param-name>fork</param-name>
<param-value>false</param-value>
</init-param>
</servlet>
Эти свойства будут переданы в объекте ServletConfig в метод init вашего сервлета.
Другой способ - прочитать переменные окружения вашей системы с помощью
System.getProperty(String name);
Но это не рекомендуется для других программ, кроме небольших.
Существует также API-интерфейс свойств, если вы хотите использовать файлы ".properties".
http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Properties.html
Наконец, я считаю, что поиск конфигураций с помощью JNDI довольно распространен при разработке современных приложений веб-служб, Netbeans и контейнеры приложений имеют довольно хорошую поддержку для этого. Google это.