Как получить одиночный матричный треугольник Интерактивной корреляции рассеяния с R ggpairs и графически - PullRequest
Новая
       59

Как получить одиночный матричный треугольник Интерактивной корреляции рассеяния с R ggpairs и графически

0 голосов
/ 31 мая 2018

Я пытаюсь получить интерактивную матрицу рассеяния для ~ 5 переменных. Мне интересно посмотреть, как наблюдения каждой из них соотносятся друг с другом, а также определить и идентифицировать выбросы.Проблема в том, что plotly ведет себя непредсказуемо, по моему мнению.

#sample data    
sample_data <- data.frame(Class = sample(x= letters[1:15],size=50,replace = TRUE),
                      Sample_number = seq(1,50,by=1),
                        x1= rnorm(50,mean=0, sd=.5), 
                        x2= rnorm(50,mean=0.5, sd=1.5), 
                        x3= rnorm(50,mean=5, sd=.1), 
                        x4= rnorm(50,mean=0, sd=3.5),
                        x5= rnorm(50,mean=-6, sd=.005))

#creating the standard plot    
p1 <- ggpairs(data=sample_data, # data.frame with variables
          columns=3:7, # columns to plot, default to all.
          title=paste0("Variable Correlations"), # title of the plot
          aes(color = Class, text=Sample_number), 
          progress = FALSE) +
          theme_bw()

#creating the interactive plot
ggplotly(p1)

Пример 1

Матрица с обоими треугольниками выглядит следующим образом enter image description here Я получаю следующие предупреждения 

Warning messages:
1: Groups with fewer than two data points have been dropped. 
2: Groups with fewer than two data points have been dropped. 
3: Can only have one: highlight

Пример 2

Однако, когда я переключаюсь на просмотр только одного треугольника матрицы, это дает мне те же предупреждения, что и выше: 

p2 <- ggpairs(data=sample_data, # data.frame with variables
              columns=3:7, # columns to plot, default to all.
              title=paste0("Variable Correlations"), # title of the plot
              aes(color = Class, text=Sample_number), 
              uppper=list(continuous="points"),
              lower="blank", 
              progress = FALSE)+
  theme_bw()

ggplotly(p2)

enter image description here

Объектив

Но если бы я использовал только стандартный (неинтерактивный) вывод ggpairs, это выглядело бы довольно неплохо: enter image description here На этот раз я толькополучить Warning messages: 1: Groups with fewer than two data points have been dropped. Было бы замечательно, если бы у кого-то были идеи о том, как создать подзаголовок ploty так же, как стандартный пример ggpairs, чтобы включить интерактивность.

...