Здесь есть статья от Microsoft здесь , в которой указано, как сделать это немного более дружественным к EF способом, хотя они предлагают большую осторожность, поскольку вы можете непреднамеренно прервать миграцию.
Этостатья поддерживает только EF6.0, который может поддерживаться EF Core 2.1, но я не пробовал, поэтому я не знаю, доступен ли он вам, и статья неясна по этому поводу.
Я полностью понимаю, почему вы хотите это сделать, но вы могли бы вместо этого рассмотреть пользовательскую таблицу исправлений и вставить ее в класс Configuration.cs при создании первого кода миграции.Да, это еще один шаг, да, это не так элегантно, но это может быть безопаснее с точки зрения EF.