ToList () в первом первом запросе извлекает данные в коллекцию в памяти, в то время как второй запрос, где вы сравниваете данные, находится в базе данных.Чтобы решить эту проблему, вы должны сделать их в той же области, дБ или памяти.
Самый простой и рекомендуемый способ - просто удалить ToList () из первого запроса
var jobRefs = context.jobs.Where(j => j.LSM_Status == null &&
j.despatched_time == null
)
.Select(x => new { x.job_ref, x.volumes_env, x.postout_deadline , x.UniqNo });
var UpdatedRefs = context.customerslas.Where(c => jobRefs.Any(z=>z.job_ref == c.job_ref) &&
(c.invoiced == 1 ||
c.invoiced == 2) &&
c.active == 1)
.Select(c => c.job_ref)
.ToList();