Решено:
Я сделал по-другому:
В своем отчете PHP я генерирую один временный файл, передавая параметр 'F'.
$pdf->Output('file.pdf','F');
В Jquery Ajax я открываю файл, а не открываю данные, обработанные запросом ajax.
$.ajax({
type: 'POST',
url: '../reports/report.php',
data: { id: id }
}).done(function(data){
var fileName = "file.pdf";
$('#modalRel').modal('show');
var object = "<object data=\"{FileName}\" type=\"application/pdf\" width=\"500px\" height=\"300px\">";
object += "If you are unable to view file, you can download from <a href = \"{FileName}\">here</a>";
object += " or download <a target = \"_blank\" href = \"http://get.adobe.com/reader/\">Adobe PDF Reader</a> to view the file.";
object += "</object>";
object = object.replace(/{FileName}/g, "../Files/" + fileName);
$("#body-rel").html(object);
})
Я надеюсь, что помог кому-то однажды.