Я использую затмение. Он очень прочный и содержит множество плагинов.
Вы можете использовать XDebug с eclipse и Apache. Может быть немного трудно встать и бежать, но работает очень хорошо и бесплатно.
Re: Windows или Linux. Это мнение, но я бы сказал, Linux. Вы можете работать на любом. IIS теперь имеет довольно хорошую поддержку PHP, и вы можете, если хотите, попытаться заставить PHP говорить с MS SQL, но я еще не понял этого. PHP и MySql работают очень легко и хорошо на Linux