Нет, у Saxon нет базы данных.
Для получения общей информации о Saxon вам нужна высокоуровневая документация http://www.saxonica.com/documentation/index.html#!about, а не спецификации Javadoc API.
На странице "Использование XQuery" написано:
Saxon - процессор в памяти.Если вы не можете воспользоваться потоковой передачей, Saxon предназначен для обработки исходных документов, помещающихся в памяти.