Я думаю, вы можете просто проиндексировать его:
np.array(the_nested)[:,1:]
В вашем случае:
the_nested = [[51502, 2, 0, 0, 1, 1],
[8046 ,2 ,0 , 1 ,1 ,2],
[40701, 1 ,1 ,1 ,1 ,1]]
>>> np.array(the_nested)[:,1:]
array([[2, 0, 0, 1, 1],
[2, 0, 1, 1, 2],
[1, 1, 1, 1, 1]])
В качестве альтернативы, с np.delete
(без необходимости петли):
>>> np.delete(np.array(the_nested),0,axis=1)
array([[2, 0, 0, 1, 1],
[2, 0, 1, 1, 2],
[1, 1, 1, 1, 1]])