Попробуйте поменять местами порядок Disallow / Allow:
User-agent: *
Allow: /index.php
Disallow: /
См. Эту информацию из Википедии:
"Тем не менее, чтобы быть совместимым со всеми
роботы, если вы хотите, чтобы один
файлы внутри в противном случае запрещено
каталог, необходимо разместить Разрешить
сначала директива, а затем
Запретить, например: "
http://en.wikipedia.org/wiki/Robots.txt
Тем не менее, я не ожидал бы, что это будет работать слишком последовательно