Вы можете использовать параметр npm prefix
:
npm i --prefix <nested_dir_name>
Для следующей структуры проекта:
- client
- package.json
- server
- package.json
- package.json
Для установки зависимостей во всех папках необходимо использовать следующую команду:
npm i && npm i --prefix client && npm i --prefix server