Вы не можете точно "сканировать" файл на клиенте. Однако возможны некоторые манипуляции, определяемые настройками безопасности клиента.
Я считаю, что это довольно сложно, так как браузеры по-разному реализуют такие функции (например, Internet Explorer может использовать сценарии ActiveX).
Вы могли бы попытаться разобраться в этом, возможно.
Что касается бесплатного антивируса, я думаю, у Google есть ответ;)
А если серьезно, то Avast и AVG предоставляют домашним пользователям бесплатные версии своего антивируса. Поскольку вы ничего не сказали о назначении сервера, я не знаю, разрешено ли использование бесплатных версий.
Если вы готовы немного заплатить за AV-решение, я рекомендую NOD32. Тем не менее, я должен отметить, что у меня нет опыта работы с серверной версией. Я использую версию для рабочей станции, которая очень легкая.