У меня такая же ситуация, хотя я разрабатываю как на OSX (используя Aptana и / или TextMate), так и на Windows / Parallels (используя Notepad ++ и / или Visual Studio), в зависимости от того, что я делаю. В моем случае я выбрал хост, который предоставляет SVN из коробки (Dreamhost). Таким образом, я могу получить к нему доступ из любого места.
Для поддержки инструментов Aptana основан на Eclipse и поэтому поддерживает плагины Eclipse. Я использовал и Subclipse и Subversive для поддержки SVN в Aptana, и оба работают довольно хорошо (я думаю, что в настоящее время я использую Subclipse). В Visual Studio я использую плагин Ankh SVN , который обеспечивает поддержку IDE. Он немного грубее по сравнению с инструментами Eclipse, но он выполняет свою работу. Если вы не привязаны к поддержке IDE, то TortoiseSVN определенно подходит для Windows (для SVN).
Есть, конечно, много других решений VCS (Git, кажется, аромат месяца в эти дни). Мне нравится SVN, потому что он прост и существует достаточно долго, чтобы иметь действительно хорошую поддержку инструмента. Что бы вы ни выбрали, обязательно разместите ваш мастер-код где-то вне вашей физической машины. Как уже отмечали другие, если ваша машина взорвется, вы потеряете весь свой код вместе с виртуальными машинами. Не устанавливайте основную VCS на свою виртуальную машину - суть виртуальных машин в том, что они должны быть легко доступны / восстанавливаемы.