В последовательной структуре вы выполняете все инструкции одну за другой, безусловно.
В альтернативной структуре вы выбираете ту, которая должна быть выполнена, на основе условий активации.
(В формализме Хоара, когда несколько инструкций имеют истинное условие, одна выбирается недетерминированно.)