Итак, теперь это работает:
df = pd.DataFrame(data = [[1, 2], [3, 4]], index = ['5alpha-androstan-3beta,17alpha-diol disulfate', 'hippurate'])
df.index=df.index.to_series().replace({'alpha':'α',"beta":'β'},regex=True)
df
Но я получаю следующую ошибку из clustermap:
"UnicodeDecodeError: кодек« ascii »не может декодировать байт 0xce в позиции 24: ординалне в диапазоне (128) "