Массивы байтов будут автоматически преобразованы в их представления Base64 при использовании SDK.
Вы не можете хранить необработанные байтовые массивы, потому что все в конечном итоге преобразуется в строковое представление себя в виде документа json.
Если эти байтовые массивы не превышают 2 МБ, вы можете добавитьих как вложения и указывают на них из документа.
Подробнее о вложениях вы можете прочитать здесь: https://docs.microsoft.com/en-us/rest/api/cosmos-db/attachments