Вот как вы можете сделать это, используя нарезку массива и используя последний массив в качестве цветов
import matplotlib.pyplot as plt
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111, projection='3d')
data = (np.array([[-0.45940028, -1.07401008, -0.60800963],[-0.34535859,-0.80739745, 0.48825026],[-0.14535859, -0.60739745, 0.68825026], [-0.44535859, -0.10739745, 0.28825026], [-0.64535859, -0.20739745, 0.18825026],[-0.39106198, -0.91424521, -0.7051101 ]]), np.array([0, 0, 1, 1, 1, 0]))
ax.scatter(data[0][:,0], data[0][:,1], data[0][:,2], zdir='z', s=80, c=data[1])
![enter image description here](https://i.stack.imgur.com/liPd6.png)