Печать PCA с помощью ggbiplot приводит к перекрытию меток.Как построить с PCA с ggplot? - PullRequest
Новая
       19

Печать PCA с помощью ggbiplot приводит к перекрытию меток.Как построить с PCA с ggplot?

0 голосов
/ 02 октября 2018

Я пытаюсь построить основные компоненты.Я использую следующий код.Одна проблема, с которой я сталкиваюсь, состоит в том, что метки для переменных слишком близки друг к другу.Я читал, что использование ggrepel решает эту проблему.

Вот пример данных

EDIT1: Внесение изменений для создания воспроизводимого вывода 

set.seed(1)
dat <- data.frame(
  Diet = sample(1:2),
  Outcome1 = sample(1:10),
  Outcome2 = sample(11:20),
  Outcome3 = sample(21:30),
  Response1 = sample(31:40),
  Response2 = sample(41:50),
  Response3 = sample(51:60)
)

ir.pca <- prcomp(dat[,3:5], center = TRUE, scale. = TRUE) 

summary(ir.pca)

loadings <- ir.pca$rotation

scores <- ir.pca$x

correlations <- t(loadings)*ir.pca$sdev

plot(ir.pca, type = "l",main="")

ggbiplot(ir.pca, choices=c(1,2), obs.scale = 1, var.scale = 1)

dat2 <- as.data.frame(dat)
ggbiplot(ir.pca, choices=c(1,2), # creates a plot with ellipse
         groups=dat2[,1],
         obs.scale = 1, 
         var.scale = 1, 
         ellipse = TRUE)

Что мне нужно сделать, чтобы построить тот же график в ggplot?Так что я могу использовать ggrepel?

...