Heroku и Engine Yard используют Amazon EC2. На этом сходство и заканчивается.
В Heroku есть особые настройки, в которых у вас нет прав на запись в файловую систему. Они делают это для того, чтобы иметь возможность легко масштабироваться с помощью своих настроек, предлагая пользователям использовать HTTP-кеширование (лак), S3 и тому подобное, вместо того, чтобы передавать динамический контент через файловую систему.
Engine Yard имеет довольно стандартную настройку виртуального хоста, где у вас есть доступ на запись в файловую систему.
Итак, ответ на ваш вопрос: нет, нет проблем или особых случаев, о которых вам нужно беспокоиться.