У вас есть доступ к коду сервера?Все зависит от реализации на стороне сервера.Будь то CXF, Джерси или какая-либо другая реализация, конечной целью составной части формы обычно является InputStream некоторого вида.Если ваш синтаксический анализатор принимает входной поток, редко требуется сохранять загруженный файл во временном каталоге.
Краткий ответ, если код специально не записывает входной поток во временный файл, вам не нужноочистить, кроме как правильно закрыть входной поток.