Кодировка base64 будет применяться к двоичной форме данных, которые вы получили.
Получив двоичную форму, вам нужно будет использовать кодировку символов, например UTF-8 (но это зависит от того, что использовалось изначально), чтобы преобразовать двоичные данные в строку Unicode.
Если у вас есть строка Unicode, она сможет поддерживать все символы в наборе Unicode.Вам не придется беспокоиться о том, русские ли они, иврит или кто-то другой.