В нем также говорится «Коммиты сравниваются с их идентификатором патча, полученным из программы git-patch-id». Когда вы применили свой выбранный вишней дифференциал, он случайно оказался немного другим?
В этом случае не только будут отличаться идентификаторы коммитов, но и идентификатор патча в виде git-patch-id будет сообщать разные идентификаторы патчей для коммитов, и поэтому они не будут считаться находящимися в ветвях друг друга.
Это легко проверить:
git show 533e2559342910fbffa2be5b38fdd7f2ddb2ed53 | git-patch-id
git show 409c61b3304373a73c787fdf9c08cc338934b74d | git-patch-id
Если первый sha1, возвращаемый git-patch-id, отличается между двумя запусками, это то, что произошло.
Предостерегайте лектора - я не пробовал свою теорию, но именно так я интерпретирую man-страницы.