Зависит от того, сколько вы хотите использовать.
Если вы хотите получить доступ к запущенной службе окна, тогда предоставьте функциональность через WCF. Вы просто хотите использовать код, затем поместить его в сборку и ссылку из другого проекта / программы.
Я бы сказал, что .net 2.0 и 3.0 будут такими же, как и в последнем, но, поскольку .net 2.0 fmk не имеет WCF, я бы предложил конечную точку удаленного взаимодействия Windows для более ранней версии, если вы используете только .net 2.0. или WCF, как я уже сказал.