Как предлагается в комментариях, вы должны читать файл построчно, а не весь файл.
Например:
count = 0
with open('words.txt','r') as f:
for line in f:
for word in line.split():
if(1 <= len(word) <=5):
count=count+1
print(count)
РЕДАКТИРОВАТЬ:
Если вы хотите только посчитать слова в 14-м слове и разделить их на "|"вместо этого:
count = 0
with open('words.txt','r') as f:
for line in f:
iterator = 0
for word in line.split("|"):
if(1 <= len(word) <=5 and iterator == 13):
count=count+1
iterator = iterator +1
print(count)
обратите внимание, что вам следует избегать записи этого
arr = line.split("|")
word = arr[13]
, поскольку строка может содержать менее 14 слов, что может привести к ошибке сегментации.