Что-то вроде
var assemblies = AppDomain.CurrentDomain.GetAssemblies()
.Where(a => a.GetName().Name.StartsWith("MyCompany"));
var types = from asm in assemblies
from type in asm.GetTypes()
where Regex.IsMatch(type.FullName,"MyRegexp")
select type.Name;
Вы также можете загрузить определенную сборку и отфильтровать нужные вам типы.