Вы не можете использовать, где условие внутри Include
или ThenInclude
.Что вы можете сделать, это:
var templatesFields = await _context.Sections
.Include(x => x.Subtitles)
.ThenInclude(r => r.Fields)
.ThenInclude(r => r.OptionSources)
.ThenInclude(r => r.OptionsSourcesDetails)
.Where(t=>t.Subtitles.Fields.Any(x => x.TemplatesFields.TemplateID==TemplateID))
.ToListAsync();