Я думаю, вы нашли одну из главных причин, по которой MS вернулся к проектам в VS2008 и в MVC.
Прошло много времени с тех пор, как я использовал VSS (в основном потому, что он действительно устарел), но большинство поставщиков исходных текстов позволяют исключать файлы и папки в качестве параметра поставщика, а не контролируемого проекта.
Если вы можете переключиться на веб-проект, а не на веб-сайт, сделайте это, в противном случае я бы посмотрел на обновление вашего поставщика управления исходным кодом, поскольку такого рода исключения легко осуществить с Vault, CSV, SVN, Git, VSTS и т. включен (назвать только несколько).