abyss-pe: переменные для сборки нескольких геномов одной командой

Question

Как мне переписать следующее, чтобы правильно заменить переменную моим genomeID?(Я использую этот метод в ассемблерах Spades и Masurca, так что в Abyss этот подход не нравится, и мне нужен обходной путь)

Я пытаюсь запустить abyss на сервере кластера, новозникают проблемы с тем, как abyss-pe читает мои переменные:

1. мой файл отправки загружает скрипт для каждого генома, указанного в файле .txt
2. мой скрипт пишет в геномеимя в сценарии
3. сборка пропасти ищет переменную

Input.sub:

queue genomeID from genomelisttest.txt

Input.sh:

#!/bin/bash
genomeID=$1
cp /mnt/gluster/harrow2/trim_output/${genomeID}_trim.tar.gz ./
tar -xzf ${genomeID}_trim.tar.gz
rm ${genomeID}_trim.tar.gz
for k in `seq 86 10 126`; do
    mkdir k$k
    abyss-pe -C k$k name=${genomeID} k=$k lib='pe1 pe2' pe1='../${genomeID}_trim/${genomeID}_L1_1.fq.gz ../${genomeID}_trim/${genomeID}_L1_2.fq.gz' pe2='../${genomeID}_trim/${genomeID}_L2_1.fq.gz ../${genomeID}_trim/${genomeID}_L2_2.fq.gz' 
done

Ошибка, которую я получаю:

`../enome_trim/enome_L1_1.fq.gz': No such file or directory

Именно здесь «enome» должен заменить пятизначный genomeID, что происходит должным образом в более ранней части сценария вплоть до этой точки, где появляется пропастьв.

Answer 1

pe1='../'"$genomeID"'_trim/'"$genomeID"'_L1_1.fq.gz ...'

Я добавил одинарную кавычку до и после переменной