Чтобы ответить на вопрос № 1, аутентификация пользователей с помощью Службы пользователей Google не зависит от SSL. Когда вы запрашиваете у пользователя вход в систему, он перенаправляется на https://www.google.com/... - защищенную страницу - и затем перенаправляется обратно в ваше приложение с набором файлов cookie, который предоставляет вам необходимую информацию, даже если страница перенаправления не зашифрованы. Это совершенно безопасно.
App Engine поддерживает SSL, так что вы также можете использовать его, если хотите, особенно если вы хотите, чтобы пользователи покупали вещи.
Чтобы ответить на вопрос № 2, я не знаю ни одного проекта электронной коммерции, специально предназначенного для App Engine на Java.