Вы можете добавить больше заполнителей контента на свою главную страницу, которые затем могут заполнить ваши контентные страницы собственным JQuery
Итак, в начале вашей главной страницы сделайте что-то вроде:
<asp:ContentPlaceHolder ID="Javascript" runat="server" />
Тогда по вашему мнению страницы
<asp:Content ID="Content1" ContentPlaceHolderID="Javsacript" runat="server">
//js here
</asp:Content>
Тем не менее, вам, возможно, следует рассмотреть возможность включения вашего javsascript в отдельные файлы JS и включить их, чтобы немного отделить ваши проблемы.