R packge устанавливается из GitHub - "'" не существует в текущем рабочем каталоге - PullRequest
Новая
       8

R packge устанавливается из GitHub - "'" не существует в текущем рабочем каталоге

0 голосов
/ 03 октября 2018

Я создал новый пакет, и он размещен на GitHub по адресу github.com / kevinwolz / hisafer .

Я пытаюсь установить пакет с помощью devtools :: install_github (), но я получаю странную ошибку.Справка? 

>install_github("kevinwolz/hisafer")

Downloading GitHub repo kevinwolz/hisafer@master
from URL https://api.github.com/repos/kevinwolz/hisafer/zipball/master
Installing hisafer

[Здесь, 5 зависимостей пакетов (dplyr, tidyr, purrr, ggplot2, lubridate) автоматически установлены успешно, но я оставил текст] 

"C:/Users/wolzkevi/DOCUME~1/R/R-34~1.3/bin/x64/R" --no-site-file --no-environ --no-save  \
  --no-restore --quiet CMD INSTALL  \
  "C:/Users/wolzkevi/AppData/Local/Temp/Rtmpg5OyD6/devtools28843ed4c0a/kevinwolz-hisafer-bf69883"  \
  --library="C:/Users/wolzkevi/Documents/R/R-3.4.3/library" --install-tests 

* installing *source* package 'hisafer' ...
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
Error : '' does not exist in current working directory ('C:/Users/wolzkevi/AppData/Local/Temp/Rtmpg5OyD6/devtools28843ed4c0a/kevinwolz-hisafer-bf69883').
Error : unable to load R code in package 'hisafer'
ERROR: lazy loading failed for package 'hisafer'
* removing 'C:/Users/wolzkevi/Documents/R/R-3.4.3/library/hisafer'
In R CMD INSTALL
Installation failed: Command failed (1)

Кажется, что критической ошибкой здесь является «Ошибка:« не существует в текущем рабочем каталоге ».Кто-нибудь знает, почему это может происходить?Есть ли что-то в способе сборки / настройки моего пакета, который вызывает проблемы?Я могу установить пакет из исходного кода просто отлично, если не загружать его с GitHub, поэтому я могу поверить, что в процессе GitHub происходит что-то странное.

ИНФОРМАЦИЯ О СЕССИИ: 

R version 3.4.3 (2017-11-30)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=French_France.1252  LC_CTYPE=French_France.1252   
[3] LC_MONETARY=French_France.1252 LC_NUMERIC=C                  
[5] LC_TIME=French_France.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] devtools_1.13.4

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] httr_1.3.1     compiler_3.4.3 R6_2.2.2       tools_3.4.3    withr_2.1.1    curl_3.1      
 [7] memoise_1.1.0  knitr_1.19     git2r_0.21.0   digest_0.6.15

1 Ответ

0 голосов
/ 03 октября 2018

Проблема в том, что в R/utils.R вы пытаетесь прочитать файлы из inst/extdata, которые не существуют (это из строк 36 и 37): 

INPUT.DEFS  <- readr::read_delim(system.file("extdata", "input_defs.txt",  package = "hisafer"), "\t", col_types = readr::cols())
OUTPUT.DEFS <- dplyr::arrange(readr::read_delim(system.file("extdata", "output_defs.txt", package = "hisafer"), "\t", col_types = readr::cols()), profile, name)

Проверка inst/extdata будетпокажет вам, что input_defs.txt и output_defs.txt не существует.

Как я это выяснил?

Я запустил 

devtools::load_all("hisafer/")

, что также дает ошибку

Ошибка: '' не существует в текущем рабочем каталоге

, но позволяет отображать информативную обратную трассировку: 

13.stop("'", path, "' does not exist", if (!is_absolute_path(path)) paste0(" in current working directory ('", 
    getwd(), "')"), ".", call. = FALSE) 
12.check_path(path) 
11.standardise_path(file) 
10.read_delimited(file, tokenizer, col_names = col_names, col_types = col_types, 
    locale = locale, skip = skip, comment = comment, n_max = n_max, 
    guess_max = guess_max, progress = progress) 
9.readr::read_delim(system.file("extdata", "input_defs.txt", package = "hisafer"), 
    "\t", col_types = readr::cols()) at utils.R#36
8.eval(exprs[i], envir) 
7.eval(exprs[i], envir) 
6.source_one(file, envir = envir) 
5.source_many(paths, env) 
4.force(code) 
3.withr_with_dir(file.path(pkg$path), source_many(paths, env)) 
2.load_code(pkg) 
1.devtools::load_all("hisafer/")

Уведомление № 9 вtraceback, который не только отображал проблемный код, но и содержательно показал, из какого файла он пришел и в какой строке он был.

Источник проблемы: Ваш .gitignore

В вашем.gitignore, у вас есть строки 

inst/extdata/
inst/extdata/*

, что означает, что все файлы и подпапки в inst/extdata/ не отслеживаются, поэтому, когда пользователи пытаются установить из GitHub, они не получают extdata/файлы, необходимые для правильной работы вашего пакета.

В качестве примечания, даже если пользователь загружает ваш repo и вручную добавляет в input_defs.txt и output_defs.txt, у них не будет других каталогов шаблонов, которые вы хотите иметь по той же причине, поэтому сборка виньеток вызывает ошибку при установке.

...