Лично я не согласен с логикой, что поддомен - это другое приложение / сайт, принадлежащий одной и той же компании. Подпапка является частью того же приложения / сайта.
Вероятно, для ваших списков PageRank / поисковых систем будет лучше, если у вас есть «один большой сайт», а не много разных слабо связанных доменов. Если содержание сайтов заметно отличается, например, на личном сайте может быть субдомен галереи или блога, в котором контент четко отделен от основного сайта - тогда, вероятно, для субдомена это имеет смысл, в противном случае я бы придерживался папок.
p.s. Примечание: не знаю, важно ли это, но веб-браузеры открывают сразу два подключения к веб-сайту при загрузке различных файлов, составляющих страницу. Таким образом, в этом случае существует причина для использования субдомена, в котором он активно ускоряет (хотя на быстром сайте минимально) время загрузки страницы.