Я уверен, что лучший способ сделать это не через системную командную строку.
Команды grails на самом деле являются скриптами Groovy с префиксом "_Grails" и находятся в каталоге scripts
установки Grails. Вы должны иметь возможность запускать эти скрипты Groovy программно из своего кода без прохождения через командную строку, но я не уверен, как лучше всего их получить.