Необязательный разбор аргументов в R для рабочего каталога - PullRequest
Новая
       21

Необязательный разбор аргументов в R для рабочего каталога

0 голосов
/ 01 июня 2018

Я анализирую аргумент в rscript (merge_em.r) ниже.Допустим, я запускаю приведенный ниже код, используя командную строку Rscript merge_em.r dataframe1, dataframe2, которая выдает мне эту ошибку: Error in setwd(working.dir) : character argument expected.Я хочу, чтобы аргумент рабочего каталога был необязательным.Как мне это сделать? 

library("argparse")    
merge_em <- function (x, y, working.dir){
      mergedfile <- merge (x, y, by = intersect(names(x), names(y)))
    if (missing(working.dir)) {
      print ("Working directory not specified! Will use present working directory.")
      working.dir <- as.character(file.path(getwd()))
    } else {
      working.dir <- working.dir
    }

    setwd(working.dir)
write.table (mergedfile, "merged.txt",
       col.names = FALSE,
       row.names = FALSE,
       sep = "\t",
       quote = FALSE
)   
}

main <- function() {
  # breaks if you set warn = 2
  options(error = traceback,
          warn = 1)

  parser <- ArgumentParser(prog = "merge_em.r",
                           description = "Merge dataframes")

  parser <- ArgumentParser()
  parser$add_argument("x")
  parser$add_argument("y")
  parser$add_argument(
    "--working_dir",
    dest = "working.dir",
    type = "character",
    metavar = "DIR",
    required = FALSE,
    help = "Working directory where files are present"
  )

  args        <- parser$parse_args()
  working.dir <- args$working.dir

  x  <- args$x
  if (!R.utils::isAbsolutePath(x))
    x <- file.path(working.dir, x)


  y  <- args$y
  if (!R.utils::isAbsolutePath(y))
    y <- file.path(working.dir, y)

  tryCatch(
    merge_em (x, y, working.dir)
      ,
    finally = setwd(working.dir)
  )
}
main()

Ответы [ 2 ]

0 голосов
/ 01 июня 2018

Вы можете обменять отсутствующее условие () на следующее: 

  if (working.dir=="") {
    print ("Working directory not specified! Will use present working directory.")
    working.dir <- as.character(file.path(getwd()))
  } else {
    print ("Working directory is specified!")
    working.dir <- working.dir
  }

И изменить аргумент для working_dir на ( default = "" ): 

  parser$add_argument(
    "--working_dir",
    dest = "working.dir",
    type = "character",
    metavar = "DIR",
    default="",
    required = FALSE,
    help = "Working directory where files are present"
  )

И измените tryCatch на: 

  tryCatch(merge_em(x, y, working.dir), finally =  print("Fin"))

Почему вы используете setwd () для части finally?Если аргумент не указан, нечего задавать или?

Например, вы можете вызвать скрипт следующим образом, например: 

Rscript merge_em.r data_frame1, data_frame2

Или с каталогом: 

Rscript merge_em.r data_frame1, data_frame2, --working_dir "path_to_folder"

Полный код: 

library(argparse)    

merge_em <- function (x, y, working.dir){

  mergedfile <- merge (x, y, by = intersect(names(x), names(y)))

  if (working.dir=="") {
    print ("Working directory not specified! Will use present working directory.")
    working.dir <- as.character(file.path(getwd()))
  } else {
    print ("Working directory is specified!")
    working.dir <- working.dir
  }
  setwd(working.dir)

  write.csv(x = mergedfile, file = "merged.txt",
            row.names = FALSE,
            quote = FALSE
  ) 
}

main <- function() {
  # breaks if you set warn = 2
  options(error = traceback,
          warn = 1)

  parser <- ArgumentParser(prog = "merge_em.r",
                           description = "Merge dataframes")
  parser <- ArgumentParser()
  parser$add_argument("x")
  parser$add_argument("y")
  parser$add_argument(
    "--working_dir",
    dest = "working.dir",
    type = "character",
    metavar = "DIR",
    default="",
    required = FALSE,
    help = "Working directory where files are present"
  )

  args        <- parser$parse_args()
  working.dir <- args$working.dir

  x  <- args$x
  if (!R.utils::isAbsolutePath(x))
    x <- file.path(working.dir, x)

  y  <- args$y
  if (!R.utils::isAbsolutePath(y))
    y <- file.path(working.dir, y)

  tryCatch(merge_em(x, y, working.dir), finally =  print("Fin"))
}

main()
0 голосов
/ 01 июня 2018

Вы можете установить его по умолчанию и при необходимости переопределить.

merge_em <- function (x, y, working.dir = getwd()){
  mergedfile <- merge (x, y, by = intersect(names(x), names(y)))
  setwd(working.dir)
  write (mergedfile, "merged.txt",
       col.names = FALSE,
       row.names = FALSE,
       sep = "\t",
       quote = FALSE
  )   
}

И переопределите его другим значением: 

merger_em(x, y, 'another/path/dir')

Я не проверял это, но параметры по умолчанию являются стандартом во многих языках.

Также вы можете установить с помощью getwd: setwd(getwd())

...