Вы можете обрабатывать оповещение при помощи try-catch, где оно поднято:
try {
driver.switchTo().alert();
} catch (Exception e) {
e.printStackTrace();
}
Далее вы можете перейти к операциям с вкладками.
Вернувшись в это исходное окно предупреждения, Вы можете принять или отклонить его:
try {
driver.switchTo().alert().accept();
} catch (Exception e) {
e.printStackTrace();
}