Добавьте эту строку в /config.inc.php:
$cfg['LoginCookieValidity'] = 36000;
В /setup/lib/index.lib.php
$cf->getValue('LoginCookieValidity') > 36000;
Если у вас его еще нетфайл .htaccess для вашего сайта phpMyAdmin, создайте его и добавьте следующую строку, чтобы переопределить время ожидания сеанса PHP по умолчанию:
php_value session.gc_maxlifetime 36000
Я бы не рекомендовал изменять это значение в вашем основном файле php.ini, так какэто допустит смехотворно длительное время ожидания сеанса для всех ваших сайтов PHP.
source: http://www.sitekickr.com/blog/increase-phpmyadmin-timeout/
Также попробуйте изменить функцию сеанса времени cookie в:
Перейдите в phpMyAdmin извеб-браузер и перейдите
Server >> Settings >> Features >> "Login Cookie Validity" a
https://community.webfaction.com/questions/11343/no-activity-within-1440-seconds-please-log-in-again