Я нашел решение сам.GNUPlot не сообщает явно имя, которое она дает переменной хи-квадрат, но печатает степени свободы (FIT_NDF) и среднеквадратичные значения остатков (FIT_STDFIT) для каждого соответствия.Среднеквадратичное значение остатков в квадратном корне из хи-квадрат, поэтому я использовал это:
set fit errorvariables
fit f(x) data using @c0c1 yerror via a,b
set label sprintf("a = %2.6f +/- %2.6f",a,a_err) @graph
set label sprintf("b = %2.6f +/- %2.6f",b,b_err) @graph2
set label sprintf("DOF = %.0f", FIT_NDF) @dof
chi2=(FIT_STDFIT*FIT_STDFIT)
set label sprintf("{/Symbol c}^2 = %.5f", chi2) @chi2
plot data using @c0c1 with yerrorbars title "C0-C1", f(x)
И теперь это работает