Что делает Eclipse, когда вы делитесь своим проектом и выбираете местоположение, отличное от текущего пути проекта, перемещает файлы проекта из папки рабочей области в выбранную папку и создает в этой папке репозиторий git.
В IntelliJ нет такого понятия, как рабочее пространство, верхний блок - проект, и он ожидает, что вы создадите проект в том месте, где вы хотите, поэтому действие просто создает репо в корне проекта.,Нет действия, которое скопировало бы проект куда-нибудь и создало бы репозиторий в новом месте, так как оно не нужно для концепций, которые использует IntelliJ.