Вот пример:
# dummy data
dat <- data.frame(x = 1:10,
y = letters[1:10], stringsAsFactors = FALSE)
Создание выборочного индекса, установка начального числа для воспроизводимости.
set.seed(1)
idx <- sort(sample(1:nrow(dat), size = 6, replace = FALSE))
idx
#[1] 2 3 4 5 7 8
Подмножество вашего фрейма данных
dat[idx, ]
# x y
#2 2 b
#3 3 c
#4 4 d
#5 5 e
#7 7 g
#8 8 h
Получить строки, которых нет в idx
dat[-idx, ]
# x y
#1 1 a
#6 6 f
#9 9 i
#10 10 j