Действительно, вопрос в том, какая система контроля версий работает лучше для вас и вашего рабочего процесса. Система контроля версий и язык программирования в значительной степени полностью независимы, поэтому не имеет значения, какой язык вы используете, если система контроля версий соответствует вашим потребностям. Я широко использовал SVN и Git с PLT Scheme, C ++, Ruby, Perl и shell-скриптами, и они оба прекрасно работают со всеми этими языками.
Я лично предпочитаю Git, но некоторые люди находят SVN более простым в использовании, а некоторые, например, Mercuiral, Bazaar или Darcs.