Очень трудно / невозможно дать точный ответ, так как слишком много неизвестных переменных - что, если файловая система смонтирована на NFS , которая находится на другом конце света? Или у вас есть вся база данных MySQL в памяти. Размер базы данных также должен учитываться.
Но, на более заметном ответе, можно предположить, что MySQL быстрее , с хорошими показателями, хорошей структурой / нормализацией базы данных и не слишком сложными / сложными запросами. Операции ввода / вывода всегда дороги (читай: медленно), хотя, как уже упоминалось, весь набор данных уже кэшируется в памяти MySQL.
Кроме того, я думаю, вы подумали о дальнейшей обработке строк с этими включенными файлами, что делает вещи еще более хлопотными - я убежден, что алгоритмы поиска строк в MySQL намного лучше оптимизированы, чем то, что вы могли бы придумать в PHP. *