macOS использует «разложенный» формат для путей к файлам - ударение сохраняется отдельно от символа.Это называется форматом Unicode NFD.
В плагине Eclipse вы можете использовать com.ibm.icu.text.Normalizer2
для преобразования строки в разложенный формат
Normalizer2 normalizer = Normalizer2.getNFDInstance();
String decomposed = normalizer.normalize(string);
Использовать
EFS.getLocalFileSystem().getStore(new Path(decomposed));
чтобы получить IFileStore
с пути