Изменения в стиле высоты элемента данных сравнения в Amchart к нему не относятся.
.amcharts-compare-item-div{height:20px}
Многие элементы диаграммы устанавливают свои стили встроенными.Чтобы ваши стили переопределяли встроенные стили, вы должны добавить !important к своему правилу:
!important
.amcharts-compare-item-div{ height:20px !important; }