Идея Emacs о вкладках заключается в том, что они представляют собой схему сжатия, они всегда имеют размер 8 и обычно они отличаются от размера отступа. Это приводит к таким вещам, как отступ в 4 пробела в первом отступе, затем 1 табуляция в следующем, затем 1 табуляция и 4 пробела в третьем уровне отступа.
Ваши варианты сделать его совместимым с редактором вкладок переменного размера: установить в emacs пробелы (как вы это сделали), или установить размер отступа в 8 (это то, что они делают в исходном коде ядра Linux), или выследить Файл макроса emacs, в котором он содержит вкладки переменного размера (я видел его в Интернете, но не сделал закладки).