Я считаю, что проблема составляет MultiIndex
в столбцах:
df=pd.DataFrame({'a':['kunal',''],'b':[1,2]})
df.columns = [['user'] * 2, df.columns]
print(df)
user
a b
0 kunal 1
1 2
print(df.columns)
MultiIndex(levels=[['user'], ['a', 'b']],
labels=[[0, 0], [0, 1]])
Возможное решение выбирается с помощью кортежей:
df3 = df.loc[df.loc[:, ('user','a')] == 'kunal']
print(df3)
user
a b
0 kunal 1