Вы можете создать страницу .php с помощью:
<?php
phpinfo();
?>
Это должно показать вам, где находится используемый в настоящее время php.ini.
Обычно это может быть по адресу:
/etc/php5/apache2/php.ini
Но проверка с этим файлом phpinfo более безопасна.