Вы не можете получить доступ к псевдониму напрямую по имени.
as создает псевдоним столбца, и вы не можете присоединиться к псевдониму столбца.Вы можете использовать псевдоним в ORDER BY, но нигде, кроме случаев, когда псевдоним поступает из подзапроса.
Попробуйте запрос ниже
SELECT
descriptors.Entity_id AS d_id,
genus.field_plant_genus_value AS gval,
genus.Entity_id AS gid
FROM
table__plant_descriptors AS descriptors
JOIN table__plant_genus AS genus ON table__plant_genus.gid = table__plant_descriptors.d_id
/* HERE */
WHERE
(field_1, field_2) IN ((8758, 8109), (8770, 8060),(8773, 7922))
GROUP BY
Entity_id
HAVING
count(Entity_id) = 3